No dia 8 de dezembro de 1560, o jesuíta Manuel de Paiva funda, nas margens do Rio Tietê, no local hoje ocupado pela cidade, o Aldeamento de Nossa Senhora da Conceição dos Guarus, que dará origem à cidade. O povoado foi fundado para a catequese dos índios guarus, da tribo dos guaianases, e para a defesa da vila de São Paulo dos Campos de Piratininga contra um possível ataque dos índios tamoios.

No final do século XVI e no século XVII, houve a mineração de ouro no atual norte de Guarulhos, após a descoberta de minas de ouro na região onde atualmente é o bairro de Lavras, em 1590, por Afonso Sardinha. A mineração usava a mão-de-obra de índios escravizados e traz crescimento ao aldeamento.

Com o declínio da mineração do ouro, a região de Guarulhos passou a ser ocupada por pequenas fazendas, onde criavam-se gado bovino e cavalos e plantava-se algodão, trigo e cana-de-açúcar, utilizando-se inicialmente a mão de obra escrava indígena e depois com mão de obra escrava negra, principalmente os de origem sudanesa. No entanto, a agricultura sofreu com o clima úmido e frio, que acarretou em doenças nas plantas. As fazendas também sofriam com outros problemas, como enchentes e arraste de pontes na época úmida.

Já no século XIX, veio a produção de tijolos ao longo das várzeas dos rios Tietê, Cabuçu de Cima e Baquirivu-Guaçu, surgindo centenas de olarias na cidade. Com a introdução do tijolo como material de construção na cidade de São Paulo, em substituição à taipa de pilão, as olarias guarulhenses passaram a fornecer tijolos para a capital. Algumas das principais ruas do centro atual eram, no passado, ocupadas por olarias.

Em 1880, Guarulhos foi emancipada de São Paulo, com o nome de Nossa Senhora da Conceição dos Guarulhos. O nome atual só foi adotado após a promulgação da Lei nº 1 021, de 6 de novembro de 1906.[8][9][10][11]

Século XX

O início do século XX foi marcado pela chegada da ferrovia e da energia elétrica (Light & Power), pelos pedidos para instalação da rede telefônica, licenças para implantação de indústrias, de atividades comerciais e pelos serviços de transporte de passageiros.

Em 1915 Guarulhos recebe o Ramal Guapira – Guarulhos, do Tramway da Cantareira, possibilitando o escoamento de madeira, pedra e tijolos, fabricados em diversas olarias da região e amplamente utilizados na construção civil na capital. A cidade ganhou cinco estações: Vila Galvão, Torres Tibagy, Gopoúva, Vila Augusta e Guarulhos, além do prolongamento até a Base Aérea, em Cumbica.

A década de 1930 foi marcada pelos atos de Intervenção Federal, Constituição da Junta Governativa de Guarulhos e pelo Movimento Constitucionalista (reflexos da Revolução de 1930, fim da República Velha).

Em 1940, foi inaugurada a Biblioteca Pública Municipal. Em 1941, o primeiro Centro de Saúde da cidade. Dez anos após, inaugurou-se a Santa Casa de Misericórdia de Guarulhos. Em 1945, a Base Aérea de São Paulo (BASP) foi transferida do Campo de Marte, em São Paulo, para o bairro de Cumbica.[carece de fontes]

Na década de 1950, chegaram, ao município indústrias dos setores elétrico, metalúrgico, plástico, alimentício, além das de borracha, calçados, peças para automóveis, relógios e couros. Nesta década, a inauguração das Rodovias Presidente Dutra e Fernão Dias aproximou pessoas e mercadorias da cidade. Guarulhos se viu unida a São Paulo, no momento histórico de aceleração industrial, e ao Rio de Janeiro, então capital federal e centro de decisões políticas e econômicas, gerando, portanto, um impulso para instalação de indústrias nos trechos das rodovias que passam pelo município. Nos seus ‘anos dourados’, Guarulhos também ganhou um Rotary Club e realizou a 1° Feira da Indústria e Comércio da cidade, no Parque Ibirapuera, em São Paulo.

A fase dos anos 1960 e 1970 foi marcada pela estruturação de atividades industriais, que em grande medida pautaram os caminhos da migração para São Paulo. Em 1963 foi fundada a Associação Comercial e Industrial de Guarulhos, hoje, Associação Comercial e Empresarial de Guarulhos (ACE).

Em 20 de janeiro de 1985, foi inaugurado o Aeroporto Internacional de São Paulo, que em 2001 recebeu o nome oficial de Aeroporto Internacional de São Paulo/Guarulhos – Governador André Franco Montoro. Em 2012 foi concedido à iniciativa privada, quando recebeu a marca GRU Airport – Aeroporto Internacional de São Paulo.