No final do século XIX, em uma de suas andanças pelos sertões paulistas, o casal de sertanistas José Pires de Albuquerque e Emília Pires de Moraes Pedroso chegou à região onde, atualmente, está localizado Embu-Guaçu. Impressionados com a beleza natural da região, decidiram fixar residência e erguer a primeira casa, feita de taipas e mão de obra escrava, próximo ao Rio Santa Rita (hoje, patrimônio da família Svartman, fundadora da primeira indústria do município: a “Indústria Química Paulista S/A”).

O povoado cresceu no início de 1900, com a chegada de imigrantes e novas famílias como os Roschel, os Creim, os Schunck, os Domingues, entre outros que constituíram as famílias pioneiras da região. Em 1920, José Pires de Albuquerque constrói a primeira indústria de farinha de mandioca.

Em 1932, Embu-Guaçu é elevado à condição de Vila, onde Benedito Roschel de Moraes inaugura a primeira casa comercial.

Por mais de meio século, a região apresentou um crescimento populacional, econômico e social bastante moroso, porém, com a chegada dos trilhos, a região começou a crescer em todos os sentidos. Em 1927, começaram as difíceis e demoradas obras de construção da ferrovia da Estrada de Ferro Sorocabana, com o ramal Mairinque-Santos, que desceria a Serra do Mar cruzando Embu-Guaçu, onde a obra chegou por volta de 1929. Em 1937, o novo ramal da ferrovia foi inaugurado.

A antiga Estrada de Ferro Sorocabana (1934-1971) transportava o café produzido no interior paulista para o porto santista. Nela, havia uma estação inaugurada em 5 de abril de 1934, onde houve tráfego de passageiros entre Embu-Guaçu e Santos até novembro de 1997. O nome da ferrovia foi, posteriormente, alterado para Ferrovia Paulista Sociedade Anônima (FEPASA: 1971-1998). Hoje, é administrada pela Rumo Logística, que opera o alto tráfego de trens de carga que cruzam o município,

Em 1944, Embu-Guaçu Guaçu foi elevado à categoria de distrito pelo decreto-lei nº 14.334/44, com uma área de 171 km², mas ainda sendo parte do município de Itapecerica da Serra.

Emancipação

O município itapecericano detinha um sério problema de repasse de verbas devido sua grande extensão territorial, sendo incapaz de manter toda sua área. Em decorrência desta dificuldade, movimentos emancipacionistas ganharam força e Embu-Guaçu foi emancipado, a partir da Lei estadual nº 8 092, 20 de fevereiro de 1964. As eleições municipais foram convocadas para o dia 7 de março de 1965.

Em 28 de março de 1965, Embu-Guaçu foi elevado à categoria de município, ocorrendo, então, a primeira legislatura, com posse do Prefeito, Vice-Prefeito e Vereadores, e conquistando definitivamente sua emancipação político-administrativa.

A comissão do movimento Pró-Emancipação, que trabalhou no sentido de que toda documentação e exigências da Lei Orgânica do Município fossem apresentadas à Assembleia Legislativa do Estado, era composta por: presidente, Sr. Fioravante Francisco; quatro vices-presidentes, Alexandre Rodrigues Nogueira, Antônio Albuquerque Filho, Valdomiro Pereira Rodrigues, Walter dos Reis; Secretário Geral, Benedicto Roschel de Moraes; e quatro secretários, Nilton Higino Martins, Francisco O. Martins, Luiz G. Ávila de Macedo, Rafael Cau; Tesoureiro Geral, Antônio Roschel de Moraes; e quatro tesoureiros, Angelo Flose, Kyiotoschi Morita, Antenor Hervelha e Pedro Júlio da Rocha.